डॉ. संजय उपाध्याय पिछले 23 वर्षों से वीवी गिरी राष्ट्रीय श्रम संस्थान में वरिष्ठ फेलो (संकाय) के रूप में कार्यरत हैं। वह रोजगार संबंध और विनियम अनुसंधान केंद्र के समन्वयक हैं। उनके वर्तमान प्रमुख अनुसंधान हितों के क्षेत्रों में शामिल हैं: अनुबंध श्रम और कानूनी संरक्षण, सामाजिक सुरक्षा कानून, रोजगार संबंध कानून और न्यूनतम मजदूरी का विनियमन। उनके पास श्रम के विभिन्न विषयों (विभिन्न लक्ष्य समूहों के लिए) पर 160 से अधिक प्रशिक्षण कार्यक्रमों का समन्वय करने का अनुभव है जैसे: नेतृत्व विकास; श्रम कानूनों के मूल सिद्धांत; प्रभावी श्रम कानून प्रवर्तन; अर्ध-न्यायिक प्राधिकारियों की भूमिकाएँ और कार्य; भवन और अन्य निर्माण श्रमिक अधिनियम का प्रभावी प्रवर्तन; वीवी गिरी राष्ट्रीय श्रम संस्थान के भीतर और बाहर प्रभावी श्रम कल्याण प्रशासन और निर्णय को प्रभावी बनाना आदि। उनके द्वारा समन्वित कार्यक्रमों में 3200 से अधिक प्रतिभागियों ने भाग लिया है जिनमें गैर सरकारी संगठनों और ट्रेड यूनियनों के प्रतिनिधि, श्रम प्रवर्तन अधिकारी, श्रम प्रशासक, श्रम न्यायालयों और न्यायाधिकरणों के न्यायाधीश, भारतीय सांख्यिकी सेवा के अधिकारी, भारतीय आयुध फैक्टरी सेवा के अधिकारी, कार्मिक अधिकारी और शामिल हैं। निजी और सार्वजनिक क्षेत्र के औद्योगिक संबंध व्यवसायी आदि। उन्होंने श्रम कानून के कई विषयों पर विभिन्न राष्ट्रीय और अंतर्राष्ट्रीय प्रशिक्षण कार्यक्रमों में बड़ी संख्या में प्रतिभागियों को संबोधित किया है जैसे: संविधान और श्रम; वेतन के लिए विनियामक ढांचा; संविदा श्रम और कानूनी संरक्षण; संविदा श्रम और न्यायिक हस्तक्षेप; प्रबंधकीय उत्कृष्टता और मानवाधिकार; प्रवासी श्रमिकों, महिला श्रमिकों, भवन और अन्य निर्माण श्रमिकों और बाल श्रमिकों आदि से संबंधित औद्योगिक संबंध कानून और विधान।

डॉ. संजय उपाध्याय द्वारा किए गए प्रमुख शोध अध्ययनों में शामिल हैं: भारत में निजी इंजीनियरिंग कॉलेजों में संकाय के रोजगार, कार्य और सेवा की शर्तें; न्यूनतम वेतन नीति और नियामक ढांचे का विकास: एक अंतरदेशीय परिप्रेक्ष्य; आधुनिक और प्रभावी श्रम निरीक्षण प्रणालियों के निर्माण पर आईटीसी-आईएलओ पाठ्यक्रम का अनुकूलन; निजी सुरक्षा एजेंसियों द्वारा नियुक्त सुरक्षा गार्डों के श्रम, रोजगार और सामाजिक सुरक्षा के मुद्दे; संविदा श्रम और न्यायिक हस्तक्षेप; उल्लंघनों को रोकने के लिए श्रम कानूनों को मजबूत करना; सामाजिक सुरक्षा उपायों का आकलन करना और लाभार्थियों की प्रभावी भागीदारी को बढ़ावा देना (एक क्रियात्मक अनुसंधान); शिक्षा उद्योग में श्रम, रोजगार और सामाजिक सुरक्षा के मुद्दे: निजी स्कूलों का एक केस स्टडी; ग्रामीण श्रम को संगठित करना: चित्तौड़गढ़, राजस्थान का एक मामला (एक क्रियात्मक शोध); नोएडा की फैक्ट्रियों में श्रम कल्याण उपायों की स्थिति: परिधान और होजरी उद्योग का एक केस अध्ययन और औद्योगिक निर्णय में देरी: सीजीआईटी-सह-श्रम न्यायालय, दिल्ली का एक केस अध्ययन। इनमें से अधिकांश अध्ययन एनएलआई अनुसंधान अध्ययन श्रृंखला के रूप में प्रकाशित हुए हैं। उन्होंने हाल ही में वीवी गिरी राष्ट्रीय श्रम संस्थान द्वारा समय-समय पर किए गए शोध अध्ययनों के प्रमुख शोध निष्कर्षों के व्यापक प्रसार के लिए 'श्रमिक शिक्षा और सशक्तिकरण श्रृंखला' (हिंदी भाषा में) के रूप में एक नया वीवीगिरी एनएलआई प्रकाशन शुरू किया है।

डॉ. संजय उपाध्याय ने हाल ही में थॉमसन रॉयटर्स द्वारा प्रकाशित 'भारत में अनुबंध श्रम पर नीति और कानून' शीर्षक से अनुबंध श्रम पर एक पुस्तक प्रकाशित की है और 'भारत के श्रमिक नेता: व्यक्तित्व एवं कृतित्व' (हिंदी में) पुस्तक का संपादन भी किया है। भारत के प्रख्यात ट्रेड यूनियन नेताओं की लघु जीवनियाँ। पूर्व में वह श्रम मंत्रालय, भारत सरकार की आंतरिक हिंदी समाचार पत्रिका 'श्रम समाचार' के संपादक रहे हैं। भारत की। वह वीवीगिरी नेशनल लेबर इंस्टीट्यूट के इनहाउस नियमित प्रकाशनों, 'अवार्ड्स डाइजेस्ट: जर्नल ऑफ लेबर लेजिस्लेशन' और 'श्रम विधान' के संपादक हैं। वह मसौदा तैयार करने के लिए श्रम और रोजगार मंत्रालय द्वारा गठित कोर टीम के सक्रिय सदस्यों में से एक हैं। छोटे कारखाने (रोजगार और सेवा की शर्तों का विनियमन) विधेयक, मजदूरी पर श्रम संहिता और औद्योगिक संबंधों पर श्रम संहिता।

उन्होंने विभिन्न राष्ट्रीय/अंतर्राष्ट्रीय सेमिनारों में प्रस्तुतियाँ दी हैं और कई चर्चाओं और कार्यशालाओं में भाग लिया है। उन्हें सामान्य रूप से श्रम और विशेष रूप से श्रम कानून के विभिन्न विषयों पर अंग्रेजी और हिंदी में विभिन्न अकादमिक पत्रिकाओं / संपादित संस्करणों, पत्रिकाओं और समाचार पत्रों आदि में लेखों के रूप में बड़ी संख्या में प्रकाशनों का श्रेय दिया जाता है।